本校位於台東縣蘭嶼鄉紅頭村。蘭嶼鄉地處台東市東南方海上，屬於熱帶氣候區，平均年雨量2664㎜、年平均溫度22.5℃，是典型「溫暖、潮濕」的海島型氣候，距離台東市約99公里，對外交通工具則倚賴空運及海運。蘭嶼是台東縣的海上明珠，除了有世界級的海島風景、多元的生態風貌，珊瑚礁所形成的海底世界更是享譽全球，獨特的人類文化更是許多人文學者研究的題材。

民國九十年學校由舊校區（紅頭村莊內）遷移至現在位置（村莊外），走出校園就是面對一望無際的碧海萬頃，令人心胸舒暢。而學校所在現址的海灣--八代灣，一直是部落族人過去的主要活動範圍，同時也是保育類生物—綠蠵龜上岸產卵的地點。
也由於海島型態的環境，對外交通只能倚賴空運海運，相當不便。飛行的交通航班飛機是十九人座的小飛機，機場並沒有導航設施，因此只要冬天東北季風一吹，或是天雨能見度低，空中交通即中斷。至於海運部分，受限於航程遙遠、天候不良、冬天海象惡劣，亦是經常停止船運航班。此乃對學校推展校務造成最大部便處。

再者，海島型潮濕多鹽份的氣候型態，對於學校各項教學、行政的設備，經常造成生鏽、毀損，夏天的颱風更因無屏障的肆虐，也常造成學校建築設備等嚴重損害。.